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因?yàn)槭删w主要由蛋白質(zhì)外殼和核酸組成，所以，可以根據(jù)蛋白質(zhì)外殼或核酸的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)對噬菌體進(jìn)行分類。

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類
無尾部結(jié)構(gòu)的二十面體：這種噬菌體為一個(gè)二十面體，外表由規(guī)律排列的蛋白亞單位——衣殼組成，核酸則被包裹在內(nèi)部。
有尾部結(jié)構(gòu)的二十面體：這種噬菌體除了一個(gè)二十面體的頭部外，還有由一個(gè)中空的針狀結(jié)構(gòu)及外鞘組成的尾部，以及尾絲和尾針組成的基部。
線狀體：這種噬菌體呈線狀，沒有明顯的頭部結(jié)構(gòu)，而是由殼粒組成的盤旋狀結(jié)構(gòu)。
迄今已知的噬菌體大多數(shù)是有尾部結(jié)構(gòu)的二十面體，這是因?yàn)檎嗝骟w是多面體里最簡單的結(jié)構(gòu)，搭建起來最容易，所以病毒喜歡采用正多面體的結(jié)構(gòu)。而正多面體一共又只有五種，分別是正4, 6, 8, 12, 20面體，其中正20面體是最接近球形的，也就是在體積相同的情況下，需要更少的材料，更為節(jié)省。
核酸特點(diǎn)分類
RNA：噬菌體中所含的核酸是單鏈RNA。
ds RNA：噬菌體中所含的核酸是雙鏈RNA。
DNA：噬菌體中所含的核酸是單鏈DNA。
ds DNA：噬菌體中所含的核酸是雙鏈DNA