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多年以來(lái)，對(duì)于病毒的研究一直局限于其在疾病中扮演的角色和功能，因此，它們的名稱也由此產(chǎn)生，如丙型肝炎病毒和煙草花葉病毒。確實(shí)，病毒使人生病，研究者普遍旨在研究如何防止病毒病。

　　直到大約100年前，微生物學(xué)家Félix d’Herelle分離出了噬菌體，并用它們來(lái)治療細(xì)菌性痢疾，我們才知道，病毒有時(shí)也能有益于我們。他們通過(guò)感染致病細(xì)菌，干預(yù)細(xì)胞基質(zhì)，產(chǎn)生大量的噬菌體，這些病毒宿主釋放的噬菌體可以波及整個(gè)菌落，最終摧毀所有的易感致病性細(xì)胞。

　　因?yàn)槭删w通常智能感染特定的細(xì)菌菌株，因此不同類(lèi)型的噬菌體才能有效摧毀所有“問(wèn)題細(xì)菌”。而獲得不同類(lèi)型噬菌體最好的方式就是直接從它們侵染過(guò)的細(xì)菌中將它們分離。

　　D'Herelle's的具體方法是，從自行康復(fù)的痢疾患者糞便中分離相應(yīng)的細(xì)菌并進(jìn)行培養(yǎng)，再通過(guò)過(guò)濾去除細(xì)胞。然后，他將新的痢疾細(xì)菌暴露在濾液中，細(xì)菌細(xì)胞開(kāi)始死亡。D'Herelle正確地推測(cè)出，噬菌體通過(guò)了過(guò)濾并且不斷繁殖，殺死新的細(xì)菌細(xì)胞。隨后他使用這種方法成功的治愈了痢疾患者。

　　迄今為止，俄羅斯和歐洲的部分地區(qū)，仍然在使用類(lèi)似的方法開(kāi)發(fā)針對(duì)常見(jiàn)的人類(lèi)病原體的噬菌體療法，而美國(guó)則采用這種方法控制食物的細(xì)菌污染。

　　但是D'Herelle也開(kāi)始懷疑，很多噬菌體可能不都是會(huì)殺死它們的宿主的。相反，它們還會(huì)整合到宿主基因組中，為宿主的復(fù)制提供關(guān)鍵的DNA，還有可能賦予宿主新的基因和新的屬性。例如，蚜蟲(chóng)的共生細(xì)菌的噬菌體可以防止寄生蜂的同時(shí)，并沒(méi)有殺死它的宿主細(xì)胞。相反，它改變了細(xì)胞，還改變了蚜蟲(chóng)在捕食者和獵物之間的平衡，保護(hù)蚜蟲(chóng)的生態(tài)系統(tǒng)。

　　盡管如此，這種病毒誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)化也會(huì)導(dǎo)致不確定的結(jié)果，就像轉(zhuǎn)盤(pán)游戲?？倳?huì)有一種可能性，那就是噬菌體可以給予細(xì)菌更高的致病性或耐藥性。此外，研究表明，由于噬菌體對(duì)環(huán)境不可預(yù)見(jiàn)的影響方式，使用抗生素，甚至有時(shí)食用一些看似無(wú)害的醬油都可能會(huì)引起噬菌體細(xì)菌相互作用的改變。

　　也許100年后，科學(xué)家仍既不能確切地描述噬菌體與細(xì)菌的相互作用機(jī)制，也不能預(yù)測(cè)它們?cè)谝吧h(huán)境中的相互作用結(jié)果——很顯然，噬菌體療法的風(fēng)險(xiǎn)很高。

　　事實(shí)上，這樣的風(fēng)險(xiǎn)早已是美國(guó)開(kāi)發(fā)噬菌體療法人用藥的一個(gè)主要障礙。而非處方噬菌體雞尾酒，在法國(guó)、波蘭和俄羅斯以藥丸、液體、局部用藥以及注射的形式銷(xiāo)售，用于治療皮膚感染到腸道煩惱。目前美國(guó)食品和藥物管理局（FDA）不批準(zhǔn)運(yùn)用任何噬菌體療法治療人類(lèi)疾病，部分是因?yàn)槭删w-宿主相互作用的不確定性。

　　隨著醫(yī)療實(shí)踐的發(fā)展，通過(guò)糞便移植可以改善我們的腸道微生物群。但是，這種不確定性變得顯而易見(jiàn)，因?yàn)楹翢o(wú)疑問(wèn)，這些療法將把噬菌體和其共生細(xì)菌一同抑制。當(dāng)前噬菌體雞尾酒市場(chǎng)上另一個(gè)值得關(guān)注的是，大多數(shù)公司出售這種噬菌體混合物時(shí)，不提供任何信息。一項(xiàng)俄羅斯噬菌體雞尾酒療法的調(diào)查分析發(fā)現(xiàn)，它有較高的遺傳變異程度。雖然噬菌體雞尾酒不具備任何已知的致病基因，并在一些小型的人體試驗(yàn)中似乎是無(wú)害的，但研究人員依然告誡說(shuō)，我們對(duì)于噬菌體的基因組知之甚少，很有可能一些隱藏的致病基因尚未確定。

　　目前，已有一些醫(yī)療產(chǎn)品被開(kāi)發(fā)出來(lái)，例如可生物降解的膜，能與噬菌體滲透并可以放置在需要清除和防止細(xì)菌感染的傷口。此外，研究人員已經(jīng)能用噬菌體治療小鼠肺部細(xì)菌感染。然而，在其他行業(yè)中，噬菌體可是一枝獨(dú)秀。

　　隨著抗生素的日漸衰竭，在過(guò)去的幾十年里，研究人員正在轉(zhuǎn)向利用噬菌體裂解細(xì)菌控制食品業(yè)、商業(yè)性農(nóng)業(yè)、和獸醫(yī)學(xué)。在農(nóng)業(yè)方面，利用噬菌體療法配合其它方法使用，對(duì)于治療某些植物致病細(xì)菌感染非常有效，治療范圍涵蓋許多植物物種，無(wú)論水果還是蔬菜，甚至還有煙草。此外，奶制品生產(chǎn)和魚(yú)類(lèi)養(yǎng)殖、獸藥開(kāi)發(fā)等的噬菌體應(yīng)用方案正在提出或開(kāi)發(fā)中。廢水處理過(guò)程中可以有效地利用噬菌體清除細(xì)菌的生物膜。