在動物體內(nèi)，微生物群落最密集的部位是腸道。腸道微生物包括細(xì)菌、古菌、原蟲、真菌以及病毒，研究表明，每克人的糞樣約有10^9～10^10個病毒樣顆粒(virus-like particle,VLP)，其中噬菌體是腸道病毒組的主要組成。
噬菌體是一類能感染細(xì)菌的病毒，既有具有殺死和清除細(xì)菌的能力的烈性噬菌體，也有存在于細(xì)菌里并和宿主形成共生關(guān)系的溫和噬菌體。烈性噬菌體感染其宿主菌后，裂解細(xì)菌且釋放子代噬菌體，因此能夠直接影響動物腸道內(nèi)多種細(xì)菌的豐度、多樣性以及代謝。溫和噬菌體并不裂解細(xì)菌，而是將其基因組整合到宿主細(xì)菌基因組中，并隨宿主的復(fù)制而復(fù)制，其中整合至細(xì)菌基因組的噬菌體稱為前噬菌體（即其本質(zhì)是核酸）。
當(dāng)腸道環(huán)境發(fā)生改變時，前噬菌體才進(jìn)入溶菌周期，裂解細(xì)菌。前噬菌體也是抗生素抗性基因與細(xì)菌毒力因子的一個重要來源，并能編碼有利于宿主菌生存的相關(guān)基因。
噬菌體也可按遺傳物質(zhì)區(qū)分，其中雙鏈DNA噬菌體(主要有尾病毒目的肌尾病毒科、長尾病毒科與短尾病毒科)與單鏈DNA噬菌體(主要是微小噬菌體科)是腸道內(nèi)豐度最高，通過透射電子顯微鏡，人們發(fā)現(xiàn)人類糞便中噬菌體主要為有尾噬菌體目。RNA噬菌體含量較少，且大部分RNA噬菌體來源于食物中的植物病毒。DNA噬菌體中有尾噬菌體目噬菌體與微小噬菌體科噬菌體的數(shù)量往往呈負(fù)相關(guān)，且有尾噬菌體目噬菌體與微小噬菌體科噬菌體的比例與機(jī)體健康密切相關(guān)——在腸道炎癥性疾病(inflammatory bowel disease，IBD)患者及高脂高糖日糧誘導(dǎo)的肥胖小鼠腸道內(nèi)，有尾噬菌體目噬菌體數(shù)量高，而微小噬菌體科噬菌體數(shù)量低。
